Книга совсем не отформатирована. Просто текст без всяких "титлов", "субтитлов" и прочего.
Если все остальные книги сделаны так же, то лучше их проносить мимо библиотеки.

Мало того.
Если хотите, чтобы сноски работали нормально во ВСЕХ читалках, то стоит привести их к стандартному виду: каждая сноска в отдельной section, а ссылки на id секции, а не абзаца.

И квадратные скобки в ссылках лучше смотрятся, когда они вместе с цифрами: ^[25], а не стоят вокруг [²⁵], как сейчас.
Т.е. желательно использовать <a l:href="#jan02_25" type="note">[25]</a>, а не [<a l:href="#jan02_25" type="note">25</a>].
Так привычнее.)

Посмотрел видео.
Да, так вполне можно делать. Только вместо скрипта «Добавление сноски с вводом» мне кажется более предпочтительным использование скрипта «Добавление сноски в переходом». Он поддерживает многоабзацные примечания и сохраняет разметку курсивом и болдом. Но это дело личных предпочтений.
Мгновенный же переход по ссылке на примечание и обратно делается по <Ctrl+BackSpace>.

А в FBE вот даже с ходу и не скажу, как лучше сделать. Ни «дерево» структуры документа слева, ни скрипт «Управление структурой секций» ничего не предлагают.

Сам я делал бы через режим Source — разбросал строки по разным <title>/<section>:

Можно и в режиме Body поразбивать, пожалуй, но не знаю, проще ли.
Сразу за таким «групповым» заголовком можно создать нужное число пустых секций (посредством Shift+Enter) и перенести в них требуемые заголовки.
Ну а потом «дерево» опять же.

А я о чем говорю?
Пришлите один исходный файл, я посмотрю, что можно сделать. Не сам fb2, а тот, из которого он был получен.
Doc, html или что там было.